國立臺北大學學生自治會在 2022-2026 年間，設有「總會」（Student Headquarters）。

1. 總會的建立：當初 2022 年《國立臺北大學學生自治會組織章程》全文修正，確立兩校區分治的制度，但因教育部《大專校院學生會運作原則》規定，學校對外只有一個學生會。於是，當時的立法者認為需要成立一個單位來代表國立臺北大學學生自治會，行使《大學法》及《國立臺北大學組織規程》賦予學生自治會，對校方及外界代表本大學學生的自治事項。

2. 總會的運作：總會由 6 名總會代表組成，兩校區各推派 3 人，合議行使對外代表學生自治會，及協調兩校區爭議的職權。總會設秘書處，辦理對外日常行政事務，並借用三峽校區學生議會原三峽校區商學大樓 B1F08 辦公室辦公。

3. 現行機制：依據 2026 年再次修正的《國立臺北大學學生自治會組織章程》，對外及跨校區日常事務由人力較充足且設於校本部的三峽校區學生會辦理。至於對外行為需要的法定代表人，則由兩校區學生會會長每年互推一人輪值。既然總會的功能已經被取代，《國立臺北大學學生自治會組織章程》 2026 年 10 年 25 日施行日起，總會已正式裁撤。